- Pagal kompetenciją administruoja ES fondų lėšas ir įgyvendina ES fondų investicijų programas: rengia ir (ar) dalyvauja rengiant teisės aktų ir kitų dokumentų, susijusių su programų įgyvendinimu ir joms skirtų lėšų administravimu, projektus, atlieka programų vadovaujančiosios institucijos pavestas užduotis, koordinuoja bendruomenės inicijuotos vietos plėtros iniciatyvos įgyvendinimą ir atlieka kitas ES fondų investicijų programų tarpinės institucijos ir kitas funkcijas, susijusias su ES fondų investicijų programomis, taip, kaip nustatyta programų dokumentuose ir teisės aktuose;
- pagal kompetenciją valdo vidaus reikalų ministrui pavestų valdymo sričių vidaus reikalų fondų programas: rengia ir (ar) dalyvauja rengiant teisės aktų ir kitų dokumentų, susijusių su programų įgyvendinimu ir joms skirtų lėšų administravimu, projektus, užtikrina tinkamus programų stebėsenos, vertinimo ir pažeidimų kontrolės procesus ir atlieka kitas vidaus reikalų ministrui pavestų valdymo sričių vidaus reikalų fondų programų atsakingos institucijos ir vadovaujančiosios institucijos funkcijas taip, kaip nustatyta programų dokumentuose ir teisės aktuose;
- pagal kompetenciją atlieka ministerijai priskirtų Europos teritorinio bendradarbiavimo tikslo programų įgyvendinimo koordinavimą ir valdo Lietuvos ir Lenkijos bendradarbiavimo per sieną programas: rengia ir (ar) dalyvauja rengiant teisės aktų ir kitų dokumentų, susijusių su programų įgyvendinimu ir joms skirtų lėšų administravimu, projektus, užtikrina tinkamus programų stebėsenos, vertinimo ir pažeidimų kontrolės procesus ir atlieka kitas Lietuvos ir Lenkijos bendradarbiavimo per sieną programų vadovaujančiosios institucijos funkcijas taip, kaip nustatyta programų dokumentuose ir teisės aktuose;
- pagal kompetenciją koordinuoja Europos kaimynystės priemonės bendradarbiavimo per sieną programų, kuriose dalyvauja Lietuvos Respublika, įgyvendinimą Lietuvoje: rengia ir (ar) dalyvauja rengiant teisės aktų ir kitų dokumentų, susijusių su programų įgyvendinimu ir joms skirtų lėšų administravimu, projektus, užtikrina tinkamus programų stebėsenos, vertinimo ir pažeidimų kontrolės procesus ir atlieka kitas Europos kaimynystės priemonės bendradarbiavimo per sieną programos valdymo institucijos funkcijas taip, kaip nustatyta programų dokumentuose ir teisės aktuose;
- pagal kompetenciją dalyvauja rengiant, derinant ir įgyvendinant:
- 2014–2021 m. Europos ekonominės erdvės ir Norvegijos finansinių mechanizmų programas (teisingumo ir vidaus reikalų bei aplinkosaugos, energetikos, klimato kaitos) ir atlieka šių programų partnerio funkcijas taip, kaip nustatyta programų dokumentuose ir teisės aktuose;
- 2009–2014 m. Europos ekonominės erdvės ir Norvegijos finansinių mechanizmų programas ir atlieka šių programų operatoriaus funkcijas taip, kaip nustatyta programų dokumentuose ir teisės aktuose;
- pagal kompetenciją dalyvauja įgyvendinant ministerijos vidaus kontrolę, atlikdamas ministerijos veiklos nuolatinę (kasdienę) stebėseną, rizikos veiksnių nustatymą, rizikos analizę ir vertinimą vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse pagal departamentui priskirtas funkcijas;
- dalyvauja rengiant ministrui priskirtų valdymo sričių ir ministerijos strateginio planavimo dokumentus;
- atlieka kitas teisės aktuose nustatytas funkcijas ir vidaus reikalų ministro, vidaus reikalų viceministro, kuriam priskirta regionų plėtros veiklos sritis, ir ministerijos kanclerio (toliau – ministerijos vadovybė) pavedimus bei užduotis.