- Rengia ir Europos Komisijai teikia programų projektus, prireikus atlieka jų pakeitimus;
- rengia ir (ar) dalyvauja rengiant teisės aktų ir kitų dokumentų, susijusių su programų įgyvendinimu ir Europos Sąjungos finansavimo lėšų (toliau – finansavimo lėšos) administravimu, projektus, prireikus inicijuoja ir (ar) atlieka, ir (ar) dalyvauja atliekant minėtų teisės aktų ir kitų dokumentų pakeitimus;
- planuoja programoms įgyvendinti reikalingas finansavimo lėšas;
- nagrinėdamas programų projektų paraiškas, teikia pastabas, pasiūlymus ir išvadas dėl jų tinkamumo ir projektų vykdymo būtinumo, derina programų projektų sutarčių ir susitarimų dėl jų pakeitimo projektus;
- atlieka programų Europos Sąjungos paramos lėšų, įskaitant techninės pagalbos lėšas, panaudojimo kontrolę;
- atlieka programų jungtiniam sekretoriatui deleguotų vadovaujančiosios institucijos funkcijų vykdymo priežiūrą ir kontrolę;
- konsultuoja suinteresuotas institucijas, programų projektų vykdytojus projektų įgyvendinimo klausimais;
- viešina informaciją apie finansavimo lėšų panaudojimo rezultatus;
- dalyvauja programų programavimo, įgyvendinimo, stebėsenos ir valdymo komitetų ir darbo grupių veikloje, vykdo stebėsenos komitetų sprendimus ir rekomendacijas;
- rengia ir Europos Komisijai teikia programų įgyvendinimo ataskaitas, duomenų ataskaitas ir kitą informaciją, susijusią su programų įgyvendinimu;
- rengia ir Europos Komisijai teikia programų mokėjimo paraiškas, metines sąskaitas, valdymo pareiškimus;
- organizuoja programų rizikos veiksnių, taip pat ir sukčiavimo rizikos, vertinimą; atsižvelgdamas į nustatytą riziką rengia efektyvias ir proporcingas kovos su sukčiavimu priemones ir procedūras, vykdo programų pažeidimų kontrolę;
- administruoja programų grąžintinas ir grąžintas finansavimo lėšas;
- vykdo kitas teisės aktais nustatytas programos vadovaujančiosios institucijos funkcijas;
- dalyvauja rengiant ministrui pavestų valdymo sričių ir ministerijos strateginio planavimo dokumentus;
- įgyvendinant ministerijos vidaus kontrolę, užtikrina ministerijos veiklos nuolatinės (kasdienės) stebėsenos atlikimą, rizikos veiksnių nustatymą, rizikos analizę ir vertinimą vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse pagal departamentui ir skyriui priskirtas funkcijas;
- atlieka kitas teisės aktuose nustatytas funkcijas, vidaus reikalų ministro, vidaus reikalų viceministro, kuriam priskirta regionų plėtros veiklos sritis, ir ministerijos kanclerio, departamento direktoriaus pavedimus.