- Koordinuoja ir kontroliuoja įslaptintos informacijos apsaugos ir įslaptintos informacijos administravimo reikalavimų įgyvendinimą ministerijos administracijos padaliniuose, įstaigose prie ministerijos ir kitose vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse veikiančiose įstaigose, išskyrus Lietuvos Respublikos Vyriausybės įstaigas, ir įmonėse;
- rengia teisės aktų, susijusių su įslaptinta informacija ir jos apsauga bei įslaptintos informacijos administravimu, išskyrus įstatymus, projektus ar dalyvauja teisės aktų projektus rengiant, taip pat juos derina, analizuoja, rengia pastabas, pasiūlymus ir išvadas dėl jų tobulinimo, vidaus reikalų ministrui, vidaus reikalų viceministrams, ministerijos kancleriui (toliau – ministerijos vadovybė) teikia pasiūlymus dėl teisės aktų keitimo, taip pat rengia dokumentų, susijusių su įslaptintos informacijos apsauga ir įslaptintos informacijos administravimu, projektus;
- teisės aktų nustatyta tvarka ir sąlygomis atlieka ministerijos vadovybės, vidaus reikalų ministro ir ministerijos patarėjų, ministerijos administracijos padalinių, įstaigų prie ministerijos ir kitų vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse veikiančių įstaigų, išskyrus Lietuvos Respublikos Vyriausybės įstaigas, ir įmonių valstybės tarnautojų ir darbuotojų, dirbančių pagal darbo sutartis, kuriems turėtų būti išduoti leidimai dirbti ar susipažinti su įslaptinta informacija, tikrinimą, pagal tikrinimo metu surinktą informaciją parengia išvadas, prireikus teikia ministerijos Centrinės specialiosios ekspertų komisijos pirmininkui siūlymus dėl visos surinktos tikrinimo medžiagos svarstymo komisijoje ir sprendimo dėl asmens tolesnio tikrinimo tikslingumo, leidimo dirbti ar susipažinti su įslaptinta informacija išdavimo ar panaikinimo priėmimo;
- įformina išduodamus nustatytos formos leidimus dirbti ar susipažinti su įslaptinta informacija, tvarko išduodamų leidimų dirbti ar susipažinti su įslaptinta informacija kompiuterinės duomenų bazės duomenis;
- ministerijos vadovybės pavedimu atlieka patikrinimus dėl įslaptintos informacijos administravimo ir įslaptintos informacijos apsaugos reikalavimų vykdymo arba jų pažeidimo ministerijos administracijos padaliniuose, įstaigose prie ministerijos ir kitose vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse veikiančiose įstaigose, išskyrus Lietuvos Respublikos Vyriausybės įstaigas, ir įmonėse;
- registruoja įslaptintus vidaus reikalų ministro įsakymus ir ministerijos kanclerio potvarkius bei gaunamus įslaptintus Respublikos Prezidento dekretus, Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimus bei kitų institucijų įslaptintus teisės aktus, vykdo jų apskaitą ir kontrolę; registruoja, įtraukia į apskaitą ir išsiunčia ministerijos vadovybės, departamento gautus ir siunčiamus įslaptintus dokumentus;
- užtikrina įslaptintų sandorių saugumą užtikrinančios institucijos funkcijų įgyvendinimą ministerijoje, kai įslaptintą sandorį sudaro ministerija, įstaigos prie ministerijos ir kitos vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse veikiančios įstaigos, išskyrus Lietuvos Respublikos Vyriausybės įstaigas, ir įmonės;
- analizuoja ministerijos administracijos padalinių, įstaigų prie ministerijos ir kitų vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse veikiančių įstaigų, išskyrus Lietuvos Respublikos Vyriausybės įstaigas, ir įmonių, darbą, susijusį su įslaptintos informacijos naudojimu ir jos apsauga bei įslaptintos informacijos administravimu, teikia pasiūlymus ministerijos vadovybei ir departamento direktoriui dėl jo tobulinimo;
- pagal savo kompetenciją palaiko ryšius su institucijomis – paslapčių subjektais bei užsienio valstybių, su kuriomis sudarytos ar sudaromos tarpvalstybinės sutartys dėl įslaptintos informacijos abipusės apsaugos, institucijomis ir tarptautinėmis organizacijomis;
- pagal savo kompetenciją teikia metodinę ir praktinę pagalbą ministerijos administracijos padalinių, įstaigų prie ministerijos ir kitų vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse veikiančių įstaigų, išskyrus Lietuvos Respublikos Vyriausybės įstaigas, ir įmonių, valstybės tarnautojams ir darbuotojams, dirbantiems pagal darbo sutartis, organizuoja mokymus įslaptintos informacijos apsaugos ir įslaptintos informacijos administravimo klausimais;
- rengia ministerijos įslaptintos dokumentacijos planą, įslaptintos dokumentacijos plano papildymų sąrašą, įslaptintų dokumentų registrų sąrašą, juos derina su ministerijos Centrine specialiąja ekspertų komisija ir Lietuvos valstybės naujuoju archyvu, rengia įslaptintų dokumentų saugojimo terminų rodyklę, ją derina su Lietuvos vyriausiojo archyvaro tarnyba;
- rengia ministerijos Centrinės specialiosios ekspertų komisijos posėdžių darbotvarkę, praneša komisijos nariams posėdžių organizavimo datą, pateikia jiems reikiamą medžiagą, informuoja komisijos narius apie protokolinių sprendimų ir pasiūlymų vykdymą, kontroliuoja, kaip vykdomi komisijos sprendimai, tvarko komisijos dokumentaciją;
- vykdo iš NATO ir Europos Sąjungos gaunamų įslaptintų dokumentų subregistratūros funkcijas, koordinuoja ir kontroliuoja antrinių subregistratūrų darbą;
- sprendžia kitus su įslaptinta informacija ir jos apsauga bei įslaptintos informacijos administravimu susijusius klausimus;