- Teikia poreikius dėl bendrojo finansavimo lėšų planavimo ir jų skirstymo;
- rengia ir (ar) dalyvauja rengiant teisės aktų ir kitų dokumentų, susijusių su programų rengimu, jų įgyvendinimu ir bendrojo finansavimo lėšų administravimu, projektus, prireikus inicijuoja ir (ar) atlieka, ir (ar) dalyvauja atliekant minėtų teisės aktų ir kitų dokumentų pakeitimus;
- nagrinėdamas programų projektų paraiškas, teikia pastabas, pasiūlymus ir išvadas dėl jų tinkamumo pagal nustatytus programų reikalavimus, projektų vykdymo būtinumo;
- dalyvauja rengiant programų valdymo ir kontrolės aprašus, užtikrina Lietuvos Respublikos įsipareigojimų programose vykdymą;
- užtikrina efektyvų bendrojo finansavimo lėšų skyrimo, mokėjimo, panaudojimo, sugrąžinimo procesą ir kontrolę;
- konsultuoja programų ir programų projektų įgyvendinimo klausimais;
- atlieka atrankinius programų projektų ir programų projektų tikrintojų patikrinimus vietoje;
- viešina informaciją apie teikiamą ar gautą Europos Sąjungos paramą, bendrojo finansavimo lėšas ir lėšų panaudojimo rezultatus;
- atstovauja Lietuvos Respublikai programų programavimo, įgyvendinimo, stebėsenos ir valdymo komitetų ir darbo grupių veikloje;
- rengia informaciją dėl programų įgyvendinimo ataskaitų ir (ar) teikia programų ir kitoms institucijoms kitą informaciją, susijusią su programų įgyvendinimu Lietuvoje;
- vykdo programų pažeidimų Lietuvoje kontrolę;
- administruoja programų grąžintinas ir grąžintas finansavimo lėšas;
- vykdo kitas teisės aktais nustatytas programų rengimo ir įgyvendinimo koordinavimo Lietuvoje funkcijas;
- rengia ir Europos Komisijai teikia programų projektus, prireikus atlieka jų pakeitimus;
- rengia ir (ar) dalyvauja rengiant teisės aktų ir kitų dokumentų, susijusių su programų įgyvendinimu ir Europos Sąjungos paramos lėšų administravimu, projektus, prireikus inicijuoja ir (ar) atlieka, ir (ar) dalyvauja atliekant minėtų teisės aktų ir kitų dokumentų pakeitimus;
- planuoja programoms įgyvendinti reikalingas Europos Sąjungos paramos ir bendrojo finansavimo lėšas;
- užtikrina efektyvų programų lėšų skyrimo, mokėjimo, panaudojimo procesą; atlieka programų lėšų, įskaitant techninės pagalbos lėšas, panaudojimo ir jų susigrąžinimo kontrolę;
- atlieka programų jungtiniam sekretoriatui deleguotų funkcijų vykdymo priežiūrą ir kontrolę;
- atlieka atrankinius programų projektų patikrinimus vietoje;
- rengia ir Europos Komisijai teikia programų įgyvendinimo ataskaitas ir kitą informaciją, susijusią su programų įgyvendinimu;
- vykdo programų pažeidimų kontrolę;
- administruoja programų grąžintinas ir grąžintas finansavimo lėšas;
- vykdo kitas teisės aktais nustatytas programos vadovaujančiosios ir programų valdymo institucijų funkcijas;
- dalyvauja rengiant ministrui priskirtų valdymo sričių ir ministerijos strateginio planavimo dokumentus;
- įgyvendinant ministerijos vidaus kontrolę, užtikrina ministerijos veiklos nuolatinės (kasdienės) stebėsenos atlikimą, rizikos veiksnių nustatymą, rizikos analizę ir vertinimą vidaus reikalų ministrui pavestose valdymo srityse pagal departamentui ir skyriui priskirtas funkcijas;
- atlieka kitas teisės aktų nustatytas funkcijas, vidaus reikalų ministro, vidaus reikalų viceministro, kuriam priskirta regionų plėtros veiklos sritis, ir ministerijos kanclerio (toliau – ministerijos vadovybė), departamento direktoriaus pavedimus.